El juego da la oportunidad de controlar a un agente del FBI llamado Francis York Morgan, el cual tiene la misión de investigar la muerte de una chica llamada Anna Graham, en un pequeño pueblo ficticio al noroeste de Estados Unidos, llamado Greenvale.
Una vez que llega al pueblo el agente York se encuentra con George Woodman el sheriff del pueblo, y Emily Wyatt su ayudante, los cuales le informan sobre el asesinato y le llevan al lugar del bosque donde apareció el cuerpo sin vida de la joven.
La extraña actitud de York, generará en un principio mala impresión a los lugareños, por la costumbre de interrumpir conversaciones y empezar monólogos con su otro yo, un ser llamado "Zach", del cual más adelante se conocerá su significado. Por otro lado tendrá la oportunidad de conocerles y ayudarles en sus problemas.
Durante el curso de la investigación, el agente York presenciará extraños asesinatos, mientras va recogiendo pistas y lucha por sobrevivir durante extraños sueños, en los cuales aparecen monstruos y un misterioso ser ataviado con un chubasquero rojo y un hacha, que desea acabar con su vida.