LEGO® Marvel™ Super Heroes presenta una historia original que abarca todo el “Universo Marvel”. Los jugadores toman el control de Iron Man, el Hombre Araña, Hulk, Capitán América, Wolverine y muchos más personajes de Marvel mientras estos se unen para evitar que Loki y a otros villanos de Marvel logren fabricar un arma superpoderosa capaz de destruir el mundo. Los jugadores deberán alcanzar los Cosmic Bricks mientras viajan por la versión LEGO de Manhattan y visitan lugares clave del Universo Marvel, como la Torre Stark, el Asteroide M, una base Hydra y la Mansión X.